O Estado de São Paulo possui uma área de 1,3 milhão de hectares que precisa ser recomposta com matas ciliares, para proporcionar a necessária proteção aos rios e lagos, reduzindo o assoreamento dos corpos d'água e formando abrigos para a fauna. Com este objetivo, a Secretaria Estadual do Meio Ambiente - SMA elaborou uma proposta preliminar do Programa Estadual de Recuperação de Matas Ciliares, traçando as estratégias básicas para ampliar as áreas protegidas.
A proposta foi elaborada por quatro grupos de trabalho, formados por engenheiros agrônomos, geólogos, pesquisadores científicos e outros, que discutiram questões como critérios e diretrizes para a definição de áreas prioritárias para programas de recomposição das matas ciliares; espécies e metodologias de produção de sementes e de colheita; capacidade instalada e efetiva dos viveiros públicos e privados; envolvimento de proprietários rurais, universidades e organizações não-governamentais em programas de recuperação; e fontes de recursos para financiamento.

A Secretaria do Meio Ambiente desenvolve algumas ações para a recuperação de matas ciliares, mas os recursos disponíveis são insuficientes para o desenvolvimento de novos projetos, exigindo uma articulação com outras instituições para assegurar futuros aportes financeiros.
Entre as ações planejadas pela secretaria há o Projeto Pomar, que promoveu o revegetação de 28 quilômetros nas duas margens do Rio Pinheiros, devendo ser ampliado para as margens do Rio Tietê, promovendo a recuperação paisagística de 25,5 quilômetros no trecho urbano entre o Cebolão e a Barragem da Penha.
O Programa de Repovoamento Vegetal do Estado de São Paulo, que veio a se somar ao Programa de Incentivo à Produção de Madeira de Lei e a uma resolução, de novembro de 2001, que definiu ações para o reflorestamento de áreas degradadas, também contribui para a expansão de áreas de mata ciliar.