A preocupação com o ambiente esteve presente desde a concepção arquitetônica para a construção de sua fábrica no Município de Cajamar. O arquiteto Roberto Loeb, que também projetou o Prédio 12 da CETESB, atendeu às expectativas dos proprietários ao desenvolver um projeto ecológico, com total aproveitamento da luz natural, além de utilizar soluções como o uso de painéis geradores de energia solar.
O armazém vertical da empresa, que é o maior da América Latina, é totalmente automatizado e inteligente, chegando ao requinte de, por conta própria, um sistema robotizado realizar a inversão dos produtos armazenados nas prateleiras, colocando os que estão sendo mais usados na frente e os demais atrás, ganhando tempo e economizando energia.
Uma estação própria de tratamento de efluentes é responsável pela remoção de 99,9% dos resíduos, tanto do esgoto doméstico como do industrial. A água tratada é reutilizada nos sanitários e abastece a caixa de reserva de incêndio. Os resíduos sólidos são separados e reciclados. As embalagens dos produtos Natura seguem a mesma filosofia: as de papel usam material reciclado e, recentemente, alguns produtos passaram a ser embalados com plástico reciclável.