Desde os 20 anos, Apoena era sertanista de destaque da Fundação Nacional do Índio (Funai). Para ele, “o índio é um ser dotado das mesmas capacidades de desenvolvimento dos não índios”. Ainda na década de 1970, recusava-se a concordar com a invasão das terras dos Cinta-Larga e Suruí, em Rondônia, por colonos protegidos por leis estaduais de projetos de expansão de fronteiras agrícolas e de assentamentos. Ao mesmo tempo, entendia que os índios tinham o direito de escolher a sua morada, desde que não perdessem seus costumes e tradições. Ainda assim, sua visão de futuro indicava um cenário sem perspectivas para os indígenas, a maioria acuada pela grilagem de terras, extração de madeira e de minérios, por aventureiros que ainda hoje atuam na ilegalidade e depredam o patrimônio ambiental e cultural dos povos nativos.

Os principais trabalhos de Apoena foram relacionados à consolidação da atração dos Kren-Akarore, os índios descritos como “gigantes”, em Mato Grosso, e aos Waimiri-Atroari, na Amazônia, que tinham problemas com invasores e estavam em situação de conflito. Além dessas etnias, Apoena comandou as frentes de atração dos Suruí e Uru-Eu-Wau-Wau, em Rondônia, Estado onde fez quase toda a sua carreira. Consolidou também as atrações dos Zoro, em Mato Grosso, Avá-Canoeiro, em Goiás, e Cinta-Larga, em Mato Grosso e Rondônia.

Apoena Meirelles foi assassinado no dia 10 de outubro de 2004, aos 55 anos, depois de ser vítima de um assalto numa agência do Banco do Brasil de Porto Velho, Rondônia. Em sua última missão, Apoena coordenava uma força-tarefa criada para impedir a entrada de garimpeiros na terra dos Cinta-Larga e na área de mineração de diamantes da Reserva Roosevelt.