Junto com várias entidades, o Greenpeace se manifestou contra MP, que considera inconstitucional por não prever a realização de estudos de impacto ambiental. No dia 29 de setembro, ao lado do Idec (Instituto de Defesa do Consumidor), ISA (Instituto Socioambiental), a ONG Direito do Planeta Verde, ANPR (Associação Nacional dos Procuradores da República) e Ajunfe (Associação de Juízes Federais), o Greenpeace enviou uma representação ao Procurador Geral da República, Cláudio Fonteles, solicitando uma Ação direta de Inconstitucionalidade (Adin) ao Supremo Tribunal Federal (STF).
A necessidade de urgência da decisão, devido à chegada do momento do cultivo dos grãos, também obscureceu o debate. O Greenpeace teme que o mesmo ocorra com o projeto de lei sobre biossegurança, que definirá a legislação sobre o assunto.
Em março, quando deveria ter descartado esse produto ilegal – exportando-o para países que não possuem barreiras contra os OGMs, por exemplo – o governo federal decidiu liberar sua comercialização em território nacional, com a publicação da MP 113. Até então, a permissão se referia apenas à safra colhida em 2003.
Um dia antes da assinatura da MP 131 pelo vice-presidente José de Alencar, que apenas atendeu uma decisão que já havia sido tomada pelo governo Lula, o Greenpeace fez uma ação na rampa do Palácio do Planalto, em Brasília.
No Brasil, não foi realizada qualquer investigação que comprove que os transgênicos não causam danos ao meio ambiente e à saúde das pessoas. Por outro lado, a maior pesquisa de campo já desenvolvida no mundo, publicada na Inglaterra pela Real Sociedade Britânica em meados de outubro, concluiu que os OGMs podem de fato prejudicar a vida selvagem.