O aumento populacional entre os índios e a intensificação do contato com a sociedade não-indígena - que inclui a incorporação de hábitos de consumo e atividades econômicas que acarretam um maior impacto nos recursos naturais - têm feito com que um número crescente de entidades ambientalistas afirmem que a presença indígena em parques e reservas contribui para a perda da biodiversidade e compromete a proteção de ecossistemas no País. Por outro lado, os povos indígenas reivindicam o direito originário - anterior à própria instituição do Estado brasileiro - às terras tradicionalmente ocupadas, o que lhes é garantido pela Constituição Federal.
Para além da polêmica das sobreposições, é inquestionável o valor das Terras Indígenas na proteção das florestas do Brasil. Cruzando dados oficiais de 2003 sobre a Amazônia, o ISA constatou que as TIs têm índice de desmatamento inferior (1,14%) aos das UCs federais (1,47%) e estaduais (7,01%) localizadas na região. Já o desflorestamento fora das áreas protegidas atingiu o índice de 18,96%. Diante deste quadro, a atuação conjunta de entidades ambientais e indigenistas é fundamental para a proteção efetiva dessas áreas, constantemente ameaçadas por grileiros, madeireiros e garimpeiros, entre outros.
Mas, no caso das sobreposições, o que tem prevalecido é uma interlocução precária entre os atores envolvidos, por vezes caracterizada pela intransigência de posições e interesses, incluindo disputas entre os órgãos governamentais competentes e o despreparo de seus profissionais para lidar com populações diferenciadas. Nessa cilada corporativa, o prejuízo é tanto da conservação ambiental como da qualidade de vida dos índios.