Na Ação Civil Pública que ensejou a concessão da liminar, o MPF acusou o governo do estado de estelionato ambiental pois, desde a crianção da reserva em 1997, o estado do Tocantins teria angariado milhões de reais em recursos – de fontes públicas e privadas - para a implementação do plano de gestão da APA em sua dimensão original. Com parte dos recursos investida, de acordo com o MPF, agora o governo decide reduzir a área à uma fração de seu tamanho.
Em sua decisão, a juíza destacou que a criação de uma unidade de conservação deve ser precedida de estudos técnicos e de consultas públicas envolvendo toda a comunidade atingida, além dos órgãos de proteção ambiental do estado e da federação. Com isso, o Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis (Ibama) poderá se posicionar sobre o projeto de supressão.
A juíza ainda constatou que as consultas públicas realizadas pelo governo do estado para tratar da redução da APA tiveram a participação de um pequeno número de pessoas dos municípios abrangidos pela reserva, sem a presença da sociedade civil organizada. De acordo com a juíza, não houve nem divulgação dos convites para a participação nas referidas reuniões, mas apenas o encaminhamento direcionado dos convites. Alguns dos municípios da área de abrangência da APA, inclusive, se manifestaram contra a proposta de redução. A Justiça Federal fixou uma multa de R$ 100 mil por dia caso a decisão não seja cumprida.